Pour effectuer une demande d'agrément pour le CIR ou pour le CII, l'entreprise doit déposer un dossier de demande en ligne auprès du Ministère de l'Enseignement Supérieur de la Recherche et de l'Innovation. L'entreprise doit présenter sa capacité à réaliser des opérations de R&D ou d'innovation. Pour ce faire, elle doit présenter un dossier dans lequel un projet de R&D (ou d'innovation) est décrit et l'ensemble des moyens humains et matériels mis en oeuvre pour réaliser les opérations. Pour une première demande, le dossier doit être adressé avant le 15 mars de l'année demandée. À défaut, l'agrément sera accordé à compter de l'année suivante. Pour un renouvellement d'agrément, le dossier est identique à celui d'une première demande. La demande doit être déposée avant le 30 novembre de la dernière année accordée. À défaut, la demande pour l'année suivante sera rejetée.